„Tūkstantmečio mokyklų“ programoje lyderystė veikiant  suprantama kaip mokyklos vadovo bei mokytojų asmeninio pasitikėjimo ir įsitraukimo į mokyklos gyvenimą stiprinimas, mokyklos bendruomenės telkimas ir įgalinimas veikti kartu dėl kiekvieno mokinio sėkmės, pozityvių mokyklos bendruomenės tarpusavio santykių bei mokyklos mikroklimato kūrimas, užtikrinant saugią fizinę ir emocinę mokymosi aplinką kiekvienam.

Siekia užtikrinti visų vaikų teisę nebūti diskriminuojamiems dėl savo ypatumų, mokymąsi bendrojo ugdymo sistemoje bendroje mokymosi aplinkoje, kurti visiems besimokantiesiems lygias ugdymosi galimybes, mokantis drauge su visais. „Tūkstantmečio mokyklų" projekte siekiama tobulinti mokyklų bendruomenių kompetencijas mokyti įvairių ugdymosi poreikių turinčius vaikus, kurti tinkamą ir saugią mokymo ir mokymosi  aplinką.

Taikant šį ugdymo metodą kūrybiškai integruojami gamtos mokslų, technologijų, inžinerijos  ir matematikos mokslų elementai (STEAM – anglų kalba Science, Technology, Engineering, Art (creative activities), Mathematics). Gamtos mokslai – tai visuma arba vienas iš šių mokomųjų dalykų: biologija, chemija, fizika, aplinkotyra, geologija, astronomija ar kiti gamtos mokslai. Pažinimas ir tyrinėjimas, problemų sprendimas, visuminio pasaulio vaizdinio ir sąsajų tarp mokomųjų dalykų kūrimas.

Kultūra, menas, bendravimas su menininkais, kūrėjais, kultūros ir meno institucijomis ugdymo procese. Gali būti pasitelkiamas kaip priemonė įvairių ugdymo procese kylančių problemų sprendimui ir jų prevencijai, o kartu privalo išlikti ir kaip tikslas pats savaime – šiuolaikiškos ir įvairios kultūrinės veiklos prieinamumo užtikrinimas yra neatsiejamas nuo kokybiško ugdymo proceso.